Câu chuyện lấy bối cảnh tại “No. 6”, một thành phố hiện đại trong tương lai vào năm 2013. Lớn lên là một người tài giỏi hàng đầu từ khi 2 tuổi, một cậu bé tên là Shion sống một cuộc sống trong một khu vực riêng biệt ở No. 6. Vào đêm sinh nhật thứ 12 của mình, cậu cứu được một cậu bé tự gọi mình là Nezumi (chuột). Nezumi chạy ra khỏi khu vực an ninh đặc biệt của thành phố. Từ đấy, cuộc sống của Shion thay đổi vĩnh viễn