Ryuuko Matoi là một cô gái đơn độc, mang bên mình lưỡi kiếm kéo màu đỏ, với mục đích tìm kiếm kẻ mang lưỡi kiếm kéo còn lại – kẻ đã giết cha cô. Cô đến Học viện Honnoji – bị cai trị bởi chế độ độc tài của Hội học sinh – đứng đầu là Chủ tịch Hội học sinh Satsuki Kiryuuin – sử dụng một loại đồng phục đặc biệt làm tăng cường những khả năng của con người