Theo chân nhân vật Kanoe Zouichi và Kanoe Fuyu (hệ thống trên xe), được cử đến bởi tổ chức đầy quyền lực Yion/Ion Green để giúp đỡ con người và chống lại sự lây nhiễm của virus N5S đang lan rộng khắp thế giới. Tuy nhiên, sứ mệnh của họ bị ngăn cản bởi đội y tế công thuộc cục lực lượng đặc biệt, các thành viên của Yion lại đang bị bắt cóc. Vậy liệu họ có hoàn thành sứ mệnh của mình? Và mục đích của Yion/Ion Green được thực hiện?